ในระหว่างการล่าสัตว์ในเขตล่าสัตว์ส่วนพระองค์ ราชินีซากุระผู้ปกครองแห่งอาณาจักรเวสปาเนีย ซึ่งเป็นประเทศระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ในทวีปยุโรป ได้ถูกรอบปลงพระชนม์ หลักฐานทั้งหมดบ่งชี้ว่าเธอถูกยิงเพราะอุบัติเหตุจากฝีมือของเจ้าชายกิลบุตรชายของเธอเอง ซึ่งหลังจากเกิดเหตุการณ์นั้นไม่นาน เจ้าชายกิลก็ได้ทรงกระทำการอัตวินิบาตกรรมเนื่องจากความรู้สึกผิด หลังจากเจ้าชายกิลเสียชีวิต ร่างของเขาถูกพบโดยดุ๊กเจราร์ดผู้ซึ่งเป็นอา และได้แสดงความเสียใจซึ่งสายเกินไปที่จะหยุดยั้งโศกนาฏกรรมนี้

ด้วยเหตุนี้ ตำแหน่งรัชทายาทแห่งราชบัลลังก์เวสปาเนียจึงตกทอดจากเจ้าชายกิลไปยังเจ้าหญิงมิร่า เด็กสาววัย 19 ปี ผู้มีนิสัยแข็งกร้าวและเอาแต่ใจเล็กน้อย ซึ่งบังเอิญมีหน้าตาคล้ายกับรันอย่างกับแกะ อย่างไรก็ตาม พิธีบรมราชาภิเษกกำลังถูกคุกคามโดยกระแสเคลื่อนไหวของประชาชนที่ทวีความรุนแรงขึ้น เนื่องจากเชื่อว่าเจ้าหญิงมิร่าไม่มีความเหมาะสมที่จะปกครองประเทศ ดังนั้น เมื่อคำนึงถึงความเสี่ยงต่อความปลอดภัยของเจ้าหญิงมิร่า เคาท์คีธหัวหน้าข้าราชบริพารจึงได้แต่งตั้งให้ “จิเก็น” อดีตครูฝึกกองทัพทหารประจำการ มาเป็นผู้คุ้มกันส่วนพระองค์ของเจ้าหญิง

ในเวลาเดียวกัน ลูแปงที่ 3 ได้เดินทางมาถึงเวสปาเนีย แผนการของเขาและจิเก็นคือการครอบครองมงกุฎของราชินีแห่งอาณาจักร ซึ่งสิ่งนี้ได้ปลุกความทรงจำอันงดงามหลายอย่างของราชาจอมโจร แต่ในตอนนี้เริ่มเป็นที่แน่ชัดแล้วว่าลูแปงกำลังดำเนินแผนการเพื่อจุดประสงค์อื่นอยู่ด้วย

เจ้าหญิงมิร่าได้มีการเดินทางเยือนประเทศญี่ปุ่น และมีการจัดงานเทศกาลขึ้นที่โรงแรมซากุระซากุระ ซึ่งโคโกโร่, โซโนโกะ และโคนัน ต่างก็อยู่ในงานเลี้ยงนี้ด้วย ทุกครั้งที่พิธีกรถามคำถามเจ้าหญิงมิร่า เธอจะไม่ยอมตอบเนื่องจากยังคงโศกเศร้ากับโศกนาฏกรรมของราชินีซากุระและเจ้าชายกิล เคาท์คีธจึงเป็นผู้ตอบคำถามแทนเธอ โดยกล่าวว่านี่เป็นครั้งแรกที่เจ้าหญิงมิร่ามาเยือนญี่ปุ่นและเธอชอบทานซูชิมาก ต่อมาเมื่อเจ้าหญิงมิร่ากำลังจะดื่มอวยพร โคนันได้เปิดโปงซอมเมอลิเยร์ตัวปลอมที่พยายามจะลอบปลงพระชนม์เจ้าหญิงด้วยการใส่ยาพิษลงไปในไวน์ ซอมเมอลิเยร์ตัวปลอมวิ่งหนีไปแต่ก็ถูกโคโกโร่จับตัวไว้ได้ ในความโกลาหลที่เกิดขึ้นนั้น เจ้าหญิงที่ต้องการหลบหนีจากสถานที่นั้น จึงอาศัยจังหวะนี้หนีออกไปได้สำเร็จ แต่ก็ถูกโคนันสังเกตเห็นและสะกดรอยตามเธอไป

ในระหว่างการหลบหนี เธอได้พบกับ รัน ที่กำลังเดินทางกลับจากการเรียนภาคค่ำ เมื่อสังเกตเห็นความคล้ายคลึงกันของพวกเธอ เจ้าหญิงจึงตัดสินใจขอสลับตัวกับรัน เพื่อที่เธอจะได้สัมผัสกับความตื่นเต้นของอิสรภาพ แม้ว่าความคิดแรกเริ่มของเธอคือการสลัดการตามล่าทั้งหมดไปให้รันรับหน้าแทนก็ตาม รันซึ่งแต่งกายเป็นเจ้าหญิงได้กลับไปที่โรงแรมและอธิบายเรื่องราวที่เกิดขึ้น เพื่อหลีกเลี่ยงข่าวรั่วไหลที่จะนำไปสู่ปัญหาความสัมพันธ์ทางการทูตกับประเทศญี่ปุ่น จึงได้ “บังคับ” ให้รันรับบทเป็นเจ้าหญิงมิร่าต่อไป

ตอนนี้เจ้าหญิงตัวจริงได้ถูกรับตัวไปโดย ฟูจิโกะ ซึ่งบอกว่าเธอรู้ตัวตนที่แท้จริงของเจ้าหญิง และเสนอตัวพาท่องเที่ยวรอบญี่ปุ่นในฐานะบอดี้การ์ดสาวของมิร่า โคนันตามรอยเจ้าหญิงมาทันและไล่ตามทั้งคู่ด้วยสเก็ตบอร์ด แต่ฟูจิโกะก็สลัดเขาหลุดและหายตัวไป ในขณะเดียวกัน เป้าหมายที่สองที่เป็นเบาะแสหลักที่นำลูแปงมายังเวสปาเนียก็คือสิ่งที่ซ่อนอยู่ใต้ผืนดินของอาณาจักรแห่งนี้ อย่าง “แร่ธาตุ” ที่มีคุณสมบัติ “พรางตัวได้อย่างสมบูรณ์แบบ” จนทำให้ไม่สามารถตรวจจับได้ด้วยเรดาร์ ลูแปงใช้ไม้ตรวจหาพลังงานจนสามารถระบุตำแหน่งของแร่นี้ได้สำเร็จ

เคาท์คีธผิดสัญญาที่จะส่งตัวรันกลับหลังจากงานแถลงข่าวที่สนามบิน ได้พารันเดินทางไปยังเวสปาเนีย สารวัตรเมงูเระจึงมอบหมายให้โคโกโร่ไปเป็นผู้ช่วยส่วนตัวของ เซนิกาตะ เพื่อนเก่าจากตำรวจสากล ซึ่งกำลังจะเดินทางไปเวสปาเนียเพื่อตามล่าลูแปง ทำให้โคโกโร่สามารถตามลูกสาวของเขาไปยังเวสปาเนียได้ ส่วนโคนันที่สังเกตเห็นแผนการของเคาท์คีธ สามารถแอบขึ้นเครื่องบินไปได้โดยการเกาะตู้คอนเทนเนอร์สินค้า และเขาได้รับการช่วยเหลือโดยเคาท์คีธ ซึ่งเคาท์คีธอ้างว่าเขาทำทุกอย่างลงไปก็เพื่อตัวเจ้าหญิงเท่านั้น

เจ้าหญิงมิร่าที่ได้รับการรายงานว่าเดินทางกลับมาถึงเวสปาเนียโดยมีฟูจิโกะคอยช่วยเหลือ ลูแปงได้เข้าใจถึงนิสัยของเจ้าหญิงที่เป็นคนเย็นชาและเอาแต่ใจ เป็นเพราะเกิดจากความทุกข์ทรมานที่สะสมมาจากสถานะความเป็นเจ้าหญิงรวมถึงความโศกเศร้าจากการสูญของบุคคลสำคัญทั้งสอง และความจริงก็เปิดเผยในที่สุด ฟูจิโกะถูกจ้างวานโดยเคาท์คีธเอง ให้พาตัวเจ้าหญิงออกไปจากวังชั่วคราว เพื่อให้เธอได้สัมผัสประสบการณ์ชีวิตวัยรุ่นทั่วไปอย่างที่ควรจะได้รับ หลังจากได้พบกับรันและโคโกโร่ โคนันก็เริ่มสืบสวนคดีฆาตกรรมราชินีซากุระ โดยได้รับความช่วยเหลืออย่างบังเอิญจากจิเก็น ในขณะเดียวกัน ลูแปงซึ่งได้รับความช่วยเหลือจากโกเอมอน ได้ลอบเข้าไปในห้องนิรภัยของพระราชวัง แต่กลับพบว่ามงกุฎได้ถูกฟูจิโกะขโมยตัดหน้าไปก่อนแล้ว และถูกบีบให้ต้องยอมแพ้จนหนีออกจากพระราชวัง เนื่องจากพื้นที่ถูกล้อมรอบไปด้วยเจ้าหน้าที่หลังจากสัญญาณเตือนภัยดังขึ้น

หลังจากเจ้าหญิงมิร่าได้ไปเยือนสถานที่ที่ราชินีซากุระและเจ้าชายกิลเสียชีวิต เธอจึงตัดสินใจที่จะน้อมรับหน้าที่ในฐานะราชินีองค์ต่อไป และตกลงที่จะเดินทางกลับคืนสู่พระราชวัง!