เรือลึกลับซึ่งบรรทุกระเบิดลอยอยู่บนผืนทะเลยามรุ่งอรุนและเรือลำนั้นคือจุดเริ่มต้นของเรื่องราวทั้งหมด..
ณ ท่าเรือไมซุรุ จังหวัดเกียวโต. ระหว่างการเปิดให้เข้าร่วมกิจกรรมท่องทะเลไปกับเรือรบเอจีสโดยกองกำลังป้องกันตนเอง

โคนันรัน โคโกโร่และเหล่านักสืบรุ่นจิ๋ว ที่ตื่นตาไปกับการล่องเรือรบที่ติดตั้งอาวุธสุดล้ำสมัย
แต่ทันไดนั้นก็เกิดเสียงกึกก้องดังสนั่นขึ้น ภายในเรือรบเต็มไปด้วยความวุ่นวาย

ในไม่ช้าก็พบศพที่แขนซ้ายหายไป! ทำไมศพนั้นถึงเป็นของคนในกองกำลังป้องกันตัวเองไปได้ยังไงกัน!?

ณ จุดเกิดเหตุมีร่องรอยอันน่าสงสัยหลงเหลืออยู่มากมาย.. โคนันที่มุ่งสู่การสืบสวนได้พบว่ามีสปายจากต่างประเทศไหนสักแห่งที่เรียกตัวเองว่า “X”อยู่บนเรือรบลำนี้ แท้จริงแล้ว “X” คือใครกันแน่? เกี่ยวข้องอะไรกับเรือปริศนาลำนี้กัน?

เงาของสายลับที่สะกดรอยตามพวกโคนัน…. การเดินเรือที่เหนือจินตนาการครั้งนี้ซุกซ่อนการก่อกบฏครั้งยิ่งใหญ่ที่จะสั่นสะเทือนไปทั้งแผ่นดินญี่ปุ่น!

เพลง One More Time โดย Kazuyoshi Saito